Волшебник объясняет ей, что лучший способ собрать людей вместе — это дать им «по-настоящему хорошего врага». Он пытается склонить на свою сторону девушек, но его уговору поддается только Глинда. Схватив «Гриммуар», Эльфаба бежит из Тронного зала. Глинда бросается за ней, пытаясь уговорить остановиться, а Волшебник пускает по следу Эльфабы стражу. Правда не должна выйти за пределы дворца.
Преследователи загоняют девушек на чердак. Моррибль с балкона дворца Волшебника объявляет Эльфабу «злой ведьмой» и призывает жителей Оз начать на нее охоту. Глинда пытается образумить подругу и умоляет ее повиниться перед Волшебником. Однако Эльфаба отказывается. Она сделала свой выбор. Девушка читает заклинание, и к ней в руки летит метла, подпиравшая вход на чердак. На глазах ошарашенных охранников и Глинды, Эльфаба верхом на метле вылетает из дворца (Defying Gravity).
Проходит несколько лет. Глинда, мадам Моррибль и Фиеро сделали карьеру в Изумрудном Городе: мадам Моррибль теперь доверенное лицо Волшебника, Глинда — духовный лидер страны Оз, а утративший свою жизнерадостность Фиеро стал капитаном гвардейцев, которые разыскивают Эльфабу, именуемую отныне Злой Западной Ведьмой.
Все трое дают пресс-конференцию, посвященную помолвке Глинды и Фиеро, но публика больше интересуется сплетнями вокруг Эльфабы — начиная от вывернутой наизнанку истории о ее аудиенции у Волшебника и заканчивая слухом о том, что «ее душа так грязна, что вода может ее растопить». Разъяренный пересудами Фиеро покидает празднество. Глинда пытается остановить его, объясняя, что тоже скучает по Эльфабе, но как политическая фигура вынуждена скрывать свои чувства. После ухода Фиеро ликование Глинды сменяется разочарованием и сожалением — цена, которую ей пришлось заплатить за исполнение своих желаний — оказалась слишком высока (Thank Goodness/I Couldn't Be Happier).
Тем временем в поисках укрытия Эльфаба приходит в дом своего отца — губернатора Жевунии. Она узнает, что отец умер и теперь страной правит Нессароза. Бок по-прежнему с ней, на правах личного слуги. Нессароза злится на Эльфабу за то, что та покинула ее именно в тот момент, когда ей так была нужна поддержка сестры. Да и теперь, имея волшебную силу, Эльфаба думает только о животных... Эльфаба замечает на ногах Нессарозы серебряные туфельки и накладывает на них заклятие. Туфельки становятся рубиновыми, и Несса обретает способность ходить. Прибежавший на крик Нессарозы Бок высказывает Эльфабе все, что думает о ней и ее сестре, которая ничуть не лучше Злой Западной Ведьмы — чтобы удержать его рядом с собой, Нессароза своей властью лишила жевунов права выезда из страны. Увидев, что Несса больше не больна, Бок сообщает о намерении признаться в своих чувствах Глинде, которой он уже «давно отдал свое сердце». Нессароза не может этого позволить — сердце Бока должно принадлежать ей! Она хватает «Гриммуар», и, несмотря на попытки Эльфабы остановить ее, начинает читать заклинание. Неумелое колдовство приводит к тому, что сердце Бока начинает исчезать. В панике Нессароза умоляет сестру помочь, и Эльфаба накладывает на Бока заклятие, позволяющее ему жить без сердца. Бок засыпает. Нессароза наконец осознает, что она наделала и до чего она дошла в своем стремлении сохранить Бока (The Wicked Witch Of The East). Когда Бок просыпается и встает из кресла, становится ясно, что теперь он сделан из металла. Бок превратился в Оловянного Дровосека. В ужасе он убегает из дворца, а Несса кричит ему вслед, что во всем виновата Эльфаба.
Во дворце Волшебника дают бал, посвященный помолвке Глинды и Фиеро. Эльфаба пробирается в Тронный зал, чтобы освободить Крылатых Обезьян, но там ее застает Волшебник. Он пытается уговорить Эльфабу перейти на его сторону и рассказывает ей о привлекательности власти, обещая, что все ее честолюбивые мечты сбудутся (Wonderful). Эльфаба готова принять его предложение при одном условии — Крылатые Обезьяны должны быть освобождены. Волшебник выполняет эту просьбу, но Эльфаба замечает, что одна обезьяна, лежащая под одеялом, не улетает. Она срывает с нее одеяло и видит доктора Дилламонда, который разучился говорить и стал обычным козлом. Эльфаба клянется, что больше никогда не пойдет на поводу у Волшебника и посвятит всю свою жизнь борьбе с ним. Она пытается убежать, но Волшебник зовет охрану. Появляется Фиеро со своими людьми. Вспомнив про слухи о чистой воде, от которой Эльфаба должна растаять, он, чтобы отвлечь своих стражников, отправляет их за водой и пытается спасти Эльфабу, взяв в заложники Волшебника.
Вбегает Глинда. Радость от встречи с подругой сменяется разочарованием и обидой, когда Фиеро говорит, что выбирает Эльфабу. Фиеро и Эльфаба уходят из дворца.
Волшебник предлагает подавленной Глинде сделать глоток из бутылочки с зеленым эликсиром, но та отказывается.
Поддавшись эмоциям, Глинда подсказывает мадам Моррибль, как поймать Эльфабу — достаточно распустить слух о том, что с Нессарозой случилась беда, и Эльфаба обязательно покинет свое убежище, чтобы помочь сестре. Моррибль заявляет, что Эльфаба слишком умна, чтобы поверить слухам, поэтому она устроит настоящую трагедию. Глинда уходит в свою комнату, покинутая двумя самыми близкими людьми в ее жизни (I'm Not That Girl (реприза)).
В Гилликенском лесу Эльфаба и Фиеро признаются друг другу в любви (As Long As You're Mine). Их счастье омрачено чувством, что они вместе ненадолго. Фиеро предлагает укрыться в его замке Киамо Ко. Эльфаба слышит шум вдалеке и видит, как по небу летит дом. Она чувствует, что Нессарозе грозит опасность, и устремляется ей на помощь. Небеса темнеют, ветер усиливается и раздается сильный грохот — это падает дом, погребая под собой Нессарозу.